故事将来到新加坡，讲述寻找19世纪末随着沉船沉入海底的蓝宝石“绀青之拳”的故事。故事中，柯南和怪盗基德被卷入滨海湾金沙酒店的杀人事件中，一场来自新加坡的巨大阴谋将他们裹挟……

未来，由于人口的增加和环境的恶化，陆地上的生活已经达到极限。于是世界各国组成了超越国界的国际组织“青”，但是青设立之初活跃的科学家Zorndyke不知为何背叛了人类，宣布要歼灭人类，他的第一步就是用人工方式让海水上升，这一灾难导致了十亿人的死亡。存活下来的人们在退潮后的海岸边再次建起都市，虽然艰难，但还是充满活力地继续生活下去。可是灾难才刚刚是开始，庄代克创造出了海洋新生命，拥有高度智能的他们将Zorndyke推崇为父亲，进行着抹杀全人类的计划，而青是人类唯一的希望...

19世纪末沉入新加坡近海，全球最大的蓝宝石“绀青之拳”，被当地的富豪看中想要回收，当他出现的时候，却发生了杀人案。现场留下了怪盗基德的血色预告书。另一方面，为了观赏在新加坡举行的空手道比赛，小兰和园子一起来到了新加坡。而没有护照的柯南只能留在日本，不过却被基德用魔术的方法强制带去了新加坡。如果不听话就回不去日本，于是柯南只能被剥夺了眼镜、手表、衣服等等进行变装，当被没认出他来的小兰问到名字时，自称“亚瑟·西莱斯”。基德获悉了沉睡于某宅邸地下金库的绀青之拳的情报，轻松地成功潜入，却发现400战全胜的最强空手

青之驱魔师所讲述的世界由两个空间组成，并且像镜子般连为一体。人类居住的物质界为本作舞台，另外还有恶魔居住的虚无界。平常基本上无法接触或穿梭于两界之间。可是恶魔能凭依于相当的物质从而进入人类的世界。撒旦乃众魔之神，为了从人间捡回一个能抑制他的箱子，而诞下了奥村磷——他跟一人界女子的儿子。可是撒旦的密谋未能得到到磷的认同。之后撒旦杀掉了磷的监护人养父，并要带磷返去虚无界。这使磷开始了驱魔师之旅，就为了打败他的生父撒旦。

作为平成年代最后一部柯南电影，“名侦探柯南系列”首次将案件发生地设立在海外，基德时隔四年后再度回归，与柯南合体展开行动。故事围绕着19世纪末与海盗船一同沉入海底、世界上最大的蓝宝石“绀青之拳”展开。