故事发生十多年后。曾经的截瘫的前海军士兵杰克·萨利（萨姆·沃辛顿 饰）永久变身为拥有地球人基因和纳威人基因的“阿凡达”，并与奥马蒂卡亚部落的族长之女奈蒂莉（佐伊·索尔达娜 饰）结为夫妇。杰克已经完全适应了他的新身体和族长的身份，并和奈蒂莉有了三个孩子，还收养了格蕾丝留下的女儿琪莉（西格妮·韦弗 饰）。原本，将地球人赶走后，杰克一家与族人过上了田园牧歌般的生活。然而，原本死去的迈尔斯·库里奇上校（史蒂芬·朗 饰）化身阿凡达重新归来，一心要找杰克和奈蒂莉复仇。为了族人的安危，也为了保护孩子，杰克决定带着家人离

在未来世界中，人类为获取另一星球——潘多拉星球资源，启动了阿凡达计划，并以人类与纳美人（潘多拉星球土著）的DNA混血，培养出身高近3米高的“阿凡达”，以方便在潘多拉星球生存及开采矿产。受伤的退役军人杰克，同意接受实验并以他的阿凡达来到天堂般的潘多拉星球。然而，在这唯美幽境里，地上爬的、天上飞的、土里钻的生物却只只巨大且致命……杰克背负重任，身处险境中，在与纳美人首次意外接触后，虽然开启了沟通的可能，却也即将面临一场异想不到、浩瀚壮烈的世纪冲突，从中他也将获得空前启示……

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影片设定在《阿凡达》的剧情落幕十余年后，讲述了萨利一家（杰克、奈蒂莉和孩子们）的故事：危机未曾消散，一家人拼尽全力彼此守护、奋力求生，并历经艰险磨难。杰克和奈蒂莉组建了家庭，他们的孩子也逐渐成长，为这个家庭带来了许多欢乐。然而危机未曾消散，萨利一家拼尽全力彼此守护、奋力求生，最终来到潘多拉星球临海的岛礁族寻求庇护。岛礁族首领特诺瓦里与罗娜尔为萨利一家提供了庇护所，这个部族的成员都是天生的潜水好手，也和海洋中的各种生物建立了密切联系。