保卫者内部的幽灵大战刚刚结束，影武者部队却悄悄潜入保卫者总部，新一轮战斗即将开始......

赛斯上校及其同伙因对平民展开报复行动被送到军事法庭审判，他为了避开终生监禁的刑期，而与皮斯卡法官达成认罪协议，但皮斯卡出尔反尔，赛斯相当生气，在逃狱后挟持了皮斯卡所搭乘的客机，打算将皮斯卡携带的间谍资料公诸于世，让皮斯卡身败名裂。军方派出救援队却宣告失败，救援队唯一的生还者麦特跟空服员凯丽携手合作，一起制服了劫机犯，凯丽在机场人员的指导下顺利让飞机安全降落。

故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准（桐岛优介 饰）出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉（川久保拓司 饰）是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往