清朝末期，西方列强暗中窥探，恃强霸权，百姓民不聊生。此时民间天降“神谕”，传言大清要亡。恰逢此时顾命大臣接连暴毙，更是加以佐证“神谕”。为堵住悠悠众口，皇上决定举办祭天仪式，并暗中任命侥幸存活的九门提督富察·御恒秘查此案。富察·御恒自知此案件的严重性，稍有差池，必定朝廷动荡。只好去请自己好友前武状元、现丐帮帮主苏灿寻求帮助，事情的严重性再加之富察·御恒软硬兼施，苏灿答应介入。但接下来意外接踵而至，先是苏灿和富察·御恒频遭暗杀，紧接着多名大臣暴毙，且相同都是肉身尽被腐蚀。刺客皆善用幻术，手段残忍，滥杀无辜，

神谕局男女特工穿越时空，对抗时空扰乱组织的阴谋，其间与明朝东林书院兄弟发生了一系列爱恨纠缠：女主因与古人坠入爱河自行切断与组织联系，试图逆转该人悲惨的历史命运，却身陷迷局；男主生性冷酷，任务为首，却在执行任务过程中被兄弟感化，最后融入其中，迎接他所替代的角色的历史命运。影片以神谕局修正历史为终结，却给了历史中注定命运悲惨的角色们一个热血的开放式结局。