故事发生在清朝年间，皇帝病重，需要用小活佛体内的舍利子方能医治。得知此事的五王爷找到了少林寺方丈，命他交出小活佛，方丈不从，五王爷出兵血洗了少林寺。受方丈所托，欣宜带着福仔、神通和纯子等十八个小和尚踏上了逃亡的旅途，小活佛就在他们其中。知道小活佛真实身份的只有已经还俗的三德师父，欣宜一行人向他所居住的古龙镇进发。那边厢，五王爷派出刺客紧随其后。在危难之际，欣宜等人被名为德荣的男子所救，德荣传授给了小和尚们一套醉拳，帮助孩子们打开了新世界的大门。

济公偶遇一对姐妹，姐姐秋漫枫与妹妹秋凝玉因爱上同一名男子赵建文，从此姐妹两埋下心结，济公运用智慧，终究化解姐妹两心结，让她们知道姐妹之情的可贵。此外，济公还遇上一名过气神厨涂兜，因为多年前一心研究厨艺却忽视家人，导致在一次大火中，女儿葬身火窟却未能见到女儿最后一面，涂兜自责不已，从此过着自甘堕落的生活。济公找来秋凝玉前去与过气厨神周旋，在济公的指引下，总算让过气厨神重拾菜刀，从人生逆境爬出。最后，济公虽然替秋凝玉寻到自己母亲的消息，但她的母亲却已经过世，秋凝玉跟着济公看尽人生百态，得此噩耗虽然遗憾，却也能

《女活佛》讲述了大经师晕倒在地，女活佛为大经师跳神驱鬼。贵族岗穹赛把上司写给女活佛的信递了上去，管家极力怂恿女活佛出国。这时，她又收到中共琼卡分工委来的信，信中劝她留在国内，不要听信谣言……

仙界大鹏鸟因遭佛祖训戒对佛祖心存不满，破坏佛门宝物，重伤看守伏魔殿的灵禅子，降龙尊者率十八罗汉收服大鹏，将其关进婆罗洞，由胖、瘦仙童负责看守，大鹏用计逃脱。佛祖将胖、瘦仙童贬下凡间，又命降龙下凡收服大鹏，济世救民。降龙下凡后投胎于杭州城内俗名李修缘。修缘与胭脂青梅竹马，自小便定下亲事。成亲当日，十七罗汉现身空中，唤醒修缘对前世的记忆，修缘顿悟前世，疯癫而去。

本剧主要故事仍然围绕着济公带领广亮、赵斌等人为老百姓排忧解难、点化世人展开，穿插降龙尊者降魔除妖的神话故事。该剧分为8个单元展开，以其天雷滚滚的剧情和各种穿越的台词，以寓教于乐的方式为大家再次颠覆了“济公”这一传统形象，他和胭脂经历了重重磨难的爱情，最终没能圆满也让很多观众大感遗憾。

活佛济公2的故事由画中仙、疯女劫、血魔出世、万应佛堂、雪女传说、木马缘、双退婚、鬼郎君、贞洁牌坊等9个单元组成。