神水宫是江湖中的传说，它从来不参与江湖纷争，亦没有人知道它的真身究竟在何处。近日来，武林帮派的各大帮主接连因为中了神水宫的天一神水之毒而命丧黄泉，一向风流倜傥的楚留香（狄龙 饰）则被误会为了神水宫的帮凶而遭到唾弃。为了洗清冤情，楚留香决定和李红袖等人调查事件的真相，在一番波折之后，楚留香总算得以打入了神水宫的内部，却发现这里的确是清静之地。原来，所有的命案都系楚留香昔日的好友无花和尚所为，然而，当楚留香想要离开神水宫将真相公之于众时，却遭到了神水宫主的拒绝，只因为楚留香得知了她有一私生女的秘密。

楚留香，江湖中大名鼎鼎的盗帅，轻功天下一绝，所到之处，皆留下淡淡兰花清香。香帅入皇宫盗得异宝琥珀观音，内藏一代大侠“小李飞刀”李寻欢亲手木刻美人，凭此可要求李寻欢满足一个愿望。楚留香自幼受恩并师承于李寻欢，但始终不知自己身世，此番盗宝正是为此。楚留香在盗宝过程中，邂逅一代神偷司空摘星的女儿司空星儿和她的义妹苏蓉蓉。在躲避朝廷追捕中，李寻欢为救苏蓉蓉撒手人寰。楚留香与司空星儿为寻解药与自身身世，结伴南国行，谁知到达后发现香帅是南国王子，应承帝位，由此引发了一场灭绝亲情的宫廷斗争。其间楚留香和司空星儿在南国堕

楚留香（狄龙 饰）与八王爷（井淼 饰）订下计策，假借楚暗杀王爷不遂而逃亡入「幽灵山庄」，权充内应，以图一举消灭此罪恶山庄。「幽灵山庄」所住者皆为江湖中罪恶满盈之徒，庄内更有真鬼出现，气氛诡异，楚留香一步步堕入一连串悬疑事件当中。

初出江湖的楚留香结识了神水宫新任宫主慕千羽，由此卷入到一场危机之中，最终联手挫败了天枫十四郎刺杀抗倭名将的阴谋。二人在追凶的过程中深深相爱，却又因彼此的宿命天各一方。二十年后，名满天下的楚留香终于等来了爱人。

电影分为两个单元。《桃花传奇》：中原少女西门无恨（杨钧钧 饰）一直对自己的身世耿耿于怀，为了弄清楚事件的真相，她冒充了当年叱咤风云如今早已隐退江湖的楚留香（刘德凯 饰），成功使得退出江湖已久的楚留香再度出山，并且最终发现西门无恨就是他的女儿。《西门无恨》：曾经，楚留香爱上了麻女圣教的圣女张洁洁（杨钧钧 饰），两人因而遭到了魔火宫的少宫主的追杀。在生下了西门无恨后，张洁洁含恨自尽，西门无恨则被带往了扶桑。西门无恨苦练武功，发誓要为母亲报仇，尽管她成功潜入了麻衣圣教，却不敌邪恶阴险的麻十三（任世官 饰），身陷

故事发生在明朝万历年间，德高望重受人敬仰的楚留香（朱孝天 饰）来到云来客栈，寻找天下第一美女鱼尺素，同在客栈的还有身为各门派帮主的左又铮、西门千，以及龟兹王爷扎木合等人。灾难忽然降临，客栈的一干人等均因为中了“天一神水”的毒而不治身亡。神水宫的宫南燕指认楚留香是幕后黑手。为了洗清身上的不白之冤，为鱼尺素报仇，楚留香开始调查事件的真相。在此过程中，楚留香结识了同样想替父亲札木合报仇的苏蓉蓉（胡静 饰），在联手寻找线索的过程之中，苏蓉蓉渐渐倾心于风流倜傥的楚留香，然而楚留香心中爱慕的却是琳娘（秋瓷炫 饰），殊