讲述了野心家白赖仁为了实现控制人类的梦想，派出手下甲贺忍者领袖虎大介追杀菊池博士，成功抢走了他身上的“赤盒”――一个收藏着菊池发明，可以抵抗任何病毒的药苗“人类”之小盒子。

故事从鲁邦三世与次元大介在一间法国乡村小镇公寓里的房间开始。网络上存在一个黑暗的网站「马可波罗」，在那里你可以买到任何非法的东西，如毒品和枪支。为了窃取数位货币，鲁邦入侵了一个严密的服务器设施，并且遇到一位天才黑客少女艾咪。接着鲁邦在「马可波罗」上被悬赏高额的奖金，而鲁邦跟艾咪要共同面对来自各方的杀手......