纪氏部落纪一川奉命看守妖兽，巧遇神兽白水泽后前去追捕，途中与尉迟雪初见如故。妖兽意外逃脱，一川因擅离职守被罚。尉迟雪决定助其抓捕妖兽将功补过。纪一川成功斩杀妖兽，尉迟雪却身受重伤，纪一川四处求医未果，绝望之时获得了药王弟子兰灵雨的帮助。纪一川向雪龙山发起挑战并艰难取胜，成功守护纪氏。纪一川告别部落，与尉迟雪、灵雨寻找仙境遗迹，途中遇到化名“王炎”的少炎王。少炎王假意示好实则一路发难，纪一川遭冰冻险丧命，灵雨舍身为其取暖，尉迟雪撞见二人赤裸后心生间隙。少炎王设计曝光尉迟雪身份，尉迟雪被迫嫁赤王子，纪一川截亲

本作主人公为高中生，也是假面骑士史上年龄较小的骑士，口头禅为“宇宙来了”。这是假面骑士系列第一次以高中校园作为故事舞台，以高中生作为主角。主角如月弦太朗是转校生，梳着飞机头，梦想是“与学校的所有人成为朋友”。他的同班同学歌星贤吾，拥有神秘的天文开关和月球基地——玉兔舱。二人的相遇，促使了假面骑士卌骑的诞生！弦太朗与朋友们共同创立了假面骑士部，在宇宙与学园的舞台上，与朋友们一起成长，共享有泪有笑的青春。